张居正案是怎么回事？为什么会成为明朝灭亡的原因之一？
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万历十年(1582年)六月二十日，内阁首辅张居正病逝，痛感失去肱股之臣的明神宗为表示哀悼下令辍朝一日，追赠张居正为上柱国、谥文忠。
这一切似乎都预示着张居正虽然去世了，但明神宗并不打算清除张居正遗留在朝堂之上的影响力，并且张居正病逝前向明神宗推荐的接班人潘晟已经在赶往京师任职的路上，一旦潘晟顺利入阁，张居正遗留下的影响力和张居正改革仍然能左右万历朝的政治走向。
可惜，此时的明神宗已经二十岁了，正是一个富有雄心壮志和精力旺盛的年纪，他断然不会允许自己在张居正遗留下的影响力中面对大明的臣民。所以，在短暂的悲痛过后，明神宗立即开始思考一个问题——如何摆脱张居正遗留下的影响力，成为大明真正的主人？
恰在此时，一直以来都对张居正和张居正改革心怀不满的朝臣认为消除张居正影响力、废除张居正改革的机会来了，于是他们示意部分言官弹劾潘晟。此举正中明神宗下怀，他最终仅以“晟系元辅(张居正)遗疏特荐，不听”。
对比一下当年刘台因弹劾张居正而被流放三千里的结局，明神宗的这个“不听”无疑是在鼓励言官继续弹劾潘晟，所以在此后，给事中张鼎思、孙玮和御史王国等人接连上疏弹劾潘晟。潘晟一看形势不妙，连忙上疏请辞，而明神宗则是顺水推舟。
给事中张鼎思、王继光、孙玮、牛惟炳，御史魏允贞、王国，各有言，晟不得已，具疏辞，遂令新衔致仕。——《明神宗实录》
随着潘晟的离去，张居正案的大幕被徐徐拉开，但是那些对张居正心怀不满的朝臣却没有立即将矛头对准张居正，因为张居正的亲密战友司礼监掌印太监冯保还在。
得益于明神宗生母李太后和张居正的支持，冯保的亲信和党羽遍布朝中，势力强大，如果他能在潘晟离去后选择急流勇退，也不是不可能落得个圆满的结局，但是他却偏偏想要通过赶走张四维和申时行的方式将余有丁推上内阁首辅的宝座，进而稳固自己的权势。
万历十年十月十五日，冯保的亲信御史曹一夔弹劾吏部尚书王国光，事涉张四维，张四维和申时行分析后认为此事必是冯保在背后指使，所以他们立即指使山东道御史江东之和江西道御史李植弹劾冯保。
聪明一世的冯保此时糊涂了一时，他根本没有想到明神宗对自己的厌恶已远远超过了张居正，在张四维和申时行指使江东之、李植弹劾冯保之前，明神宗就已经派遣亲信太监张鲸联络张四维和申时行一同倒冯。在这种情况下，冯保的最终结局就是发往南京看守孝陵。
冯保被发往南京后，朝臣们再也没有了顾忌，万历十年十二月四日，陕西道御史杨四知弹劾张居正“十四大罪”，十二月十八日，四川道御史孙继先上疏请求给那些因得罪张居正而遭到罢黜的朝臣复职。随后，梁梦龙、殷正茂、陈省等被视为张居正亲信的官吏纷纷因遭到弹劾而被迫致仕或是削籍，而那些曾经反对张居正的朝臣则全部被起用或是提拔。
按照明神宗的设想，张居正案到此就该结束了，因为在接到杨四知弹劾张居正的奏疏后，他用朱批回复道：“张居正蔽主殃民，殊负圣恩，但念其侍朕冲龄，有十年辅理之功，今以殁，姑贷不究，以全始终”。
如果张居正案真的就此打住，大明的朝堂之上也许就不会出现混乱无度的局面，明神宗也许就不会在万历十五年之后长时间不上朝。但是很可惜，那些反对张居正和张居正改革的朝臣既不想张居正“以全始终”、又不想看到张居正改革继续进行下去，所以他们一致决定要让张居正案继续下去。
这种情况下，高拱的《病榻遗言》非常及时的刊刻问世了。在这本书中张居正被描述成联合冯保欺瞒幼主、陷害忠良的卑鄙小人，并且经过言官们的不懈努力，张居正诬陷亲藩、生活奢侈、专权乱政等大罪不断被挖出。
了解到这些后，明神宗的心中立即被愤怒占据，所以他下令抄没张家财物。
至此，明神宗再一次想要结束张居正案，因为由张居正案引发的朝政混乱已经显露出了危险的苗头，军国大事根本没有人去关心，相反只要谁曾经跟张居正有一点关系就会引发朝臣和言官们的群起弹劾。
为了避免朝政的混乱彻底失控，明神宗于万历十二年九月公布了张居正的罪名，内容包括诬陷亲藩，侵夺王坟府第，钳制言官，闭塞朕聪，专权乱政，并且在此之前，明神宗还废除了张居正改革的考成法。
但是，随着一些人妄图利用张居正案实现自己不可告人的目的，由张居正案引发的朝政混乱彻底失控。
这些人以洪朝选之子洪兢为代表，他为了给居乡期间因横行不法而被福建巡抚劳堪逮捕的父亲洪朝选翻案，就以洪朝选勘辽时得罪过张居正为由诬陷劳堪逮捕洪朝选是为了向张居正献媚，由此又引发了历时长达五年的劳堪案。
在劳堪案中弹劾劳堪的主力是之前弹劾过潘晟和张居正的孙玮，他为了给自己积攒政治资本，不经过任何调查就根据洪兢对劳堪的诬陷弹劾劳堪，最终导致劳堪被罚充军。
劳堪倚法作奸，杀人媚势，神人共愤，国法难容。国朝大臣未有无故冤死狱中者，原任刑部侍郎洪朝选，以勘辽藩事得罪居正，堪希居正意，杀朝选媚之，极其残酷。至其子洪兢赴阙控诉，堪飞书冯保，廷杖几死。有臣如此，将焉用之！——《明神宗实录》
以劳堪案的发生为标志，张居正案彻底脱离了明神宗最初清除张居正影响力的初衷。直到此时，明神宗才悲哀地发现那些弹劾张居正及其党羽的朝臣、言官和以洪兢为代表的一些人根本就不是为了帮助他清除张居正的影响力，这些人有的是为了罢黜张居正改革、有的是为了借机捞取政治资本、有的是为了实现自己不可告人的目的，只要这些人的目的没有达到，张居正案就会一直进行下去。
有了这个发现以后，明神宗开始仔细审视张居正案发生以来的整个过程，最后他惊讶地发现自己亲手开启的张居正案更大的受益者竟然不是自己，并且在清除了张居正的影响力后，朝臣、言官和洪兢等人的影响力又成了他实现雄心壮志的更大障碍。
此时，明神宗可以称得上是心力交瘁，他既无力制止朝政的混乱，又无法决定张居正案何时结束，尤其是那些为了捞取政治资本的言官仅仅因为高启愚在科举时出了“舜何以命禹”的题目就诬陷他是在劝张居正篡权夺位。这种情况下，明神宗彻底愤怒了，他出人意料地将参与弹劾高启愚的三位言官连降三级，终于平息了高启愚案，此后张居正案和劳堪案相继结案。
言官论人，须当审事实参详公论，若不谙事情始末，不分人品高下，辄肆诋排大臣，将人人自危，岂成政体。近日，科道官争以奸党为言，斥退已多；今后，务体国惜才，用养和平之福，若再有违旨搜索往事的，定行重治不饶。——《明神宗实录》
张居正案、劳堪案和高启愚案几乎同时在万历十五年结束，这三案结束后不久，明神宗算是被压垮了，他突然从富有雄心壮志沦为为低沉消极，并在此后的几十年中几乎不再上朝。虽然这三案不是导致明神宗被压垮的主要原因，但明神宗被压垮绝对与此脱不了关系，所以，张居正案就成了压垮明神宗的第二棵稻草。
